Wrong variable replacement in strings (%,!,@)

In various places, and most visible in the welcome email (that is sent to users during registration), there is no use of the new variable replacement rules, as described here: http://api.drupal.org/api/5/function/t
As a result, the email that is sent to users does not contain name and password, but instead it contains the variables themselves:

%username,

תודה על הרשמתך לאתר '%site'.

אפשר עתה להיכנס לאתר בכתובת
%login_uri
תוך שימוש בכינוי ובסיסמה הבאים:
כינוי: %username,
סיסמה: %password.

לאחר הכניסה, מומלץ לשנות את הסיסמה בכתובת זו:
%edit_uri.

החברות החדשה שלך באתר '%site' מאפשרת לך גם להיכנס לאתרים אחרים, מבוססי דרופל (כדוגמת http://www.drupal.org) ללא הרשמה. יש להשתמש בכינוי דרופל ובסיסמה הבאים:
כינוי: %username@%uri_brief,
סיסמה: %password.

All the percent signs should correspond to the new variable replacement, usually the '!' sign, but not only.
I guess other misreplacements will be discovered with time...

Here's a correct welcome email:

!username,

תודה על הרשמתך לאתר '!site'. 

אפשר עתה להיכנס לאתר בכתובת 
!login_uri 
תוך שימוש בכינוי ובסיסמה הבאים: 
כינוי: !username, 
סיסמה: !password. 

לאחר הכניסה, מומלץ לשנות את הסיסמה בכתובת זו: 
!edit_uri. 

החברות החדשה שלך באתר '%site' מאפשרת לך גם להיכנס לאתרים אחרים, מבוססי דרופל (כדוגמת http://www.drupal.org) ללא הרשמה. יש להשתמש בכינוי דרופל ובסיסמה הבאים: 
כינוי: !username@!uri_brief,
סיסמה: !password.

בברכה,

צוות '!site'.