Index: uc_taxes.module
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--- uc_taxes.module	(revision 1291)
+++ uc_taxes.module	(working copy)
@@ -249,16 +249,13 @@ function uc_line_item_tax_subtotal($op, 
   }
   if (is_array($order->line_items)) {
     foreach ($order->line_items as $key => $line_item) {
-      if ($line_item['type'] == 'subtotal') {
-        continue;
+      if ($line_item['type'] == 'tax') {
+        $has_taxes = TRUE;
       }
-      if (substr($line_item['type'], 0, 3) != 'tax') {
+      if (_line_item_data($line_item['type'], 'calculated') == TRUE) {
         $amount += $line_item['amount'];
         $different = TRUE;
       }
-      else {
-        $has_taxes = TRUE;
-      }
     }
   }
   if (is_array($order->taxes)) {