Index: uc_taxes/uc_taxes.module
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--- uc_taxes/uc_taxes.module	(revision 1255)
+++ uc_taxes/uc_taxes.module	(working copy)
@@ -249,6 +249,7 @@ function uc_line_item_tax_subtotal($op, 
   }
   if (is_array($order->line_items)) {
     foreach ($order->line_items as $key => $line_item) {
+      if (_line_item_data($line_item['type'], 'calculated') == TRUE) {
       if ($line_item['type'] == 'subtotal') {
         continue;
       }
@@ -261,6 +262,7 @@ function uc_line_item_tax_subtotal($op, 
       }
     }
   }
+  }
   if (is_array($order->taxes)) {
     $has_taxes = TRUE;
   }